คอมแอร์ เป็นผู้ให้บริการสายการบินต้นทุนต่ำเป็นรายแรกในประเทศญี่ปุ่น ในนามสายการบินแอร์เอเชียเจแปน มีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่ กรุงโตเกียว, ประเทศญี่ปุ่น มีฐานการบินอยู่ที่ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ กรุงโตเกียว โดยเริ่มดำเนินการใน วันที่ 1 เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2555ในประเทศญี่ปุ่น ตลาดธุรกิจการบินกำลังมีการเปลี่ยนแปลงหลาย ๆ อย่างรวมไปถึงการที่มีข้อตกลงน่านฟ้าเสรีกับหลาย ๆ ประเทศ และการที่ต้องแข่งขันกับการขนส่งทางถนน ทางรถไฟ และสำหรับเที่ยวบินภายในประเทศ ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ เป็นสนามบินนานาชาติหลักของกรุงโตเกียว กำลังมีแผนที่จะขยายพื้นที่ เพื่อให้รองรับผู้โดยสารให้มากขึ้น ANA ได้พยายามมองหาลู่ทางที่จะดำเนินการสายการบินในลักษณะสายการบินต้นทุนต่ำ หลังจากได้ศึกษาตลาดและวิเคราะห์ดูแล้ว จึงได้สรุปที่จะจับมือกับสายการบินต้นทุนต่ำที่มีประสิทธิภาพอย่างแอร์เอเชียที่มีเส้นทางการบินครอบคลุมภูมิภาคอาเซียน ซึ่งทางแอร์เอเชียก็กำลังมองหาลู่ทางที่จะขยายธุรกิจในญี่ปุ่นเช่นเดียวกัน ANA เป็นกลุ่มสายการบินที่ใหญ่ที่สุดในประเทศญี่ปุ่น (All Nippon Airways) และ AirAsia กลุ่มสายการบินต้นทุนต่ำ จึงได้จัดตั้งสายการบินต้นทุนต่ำ สายใหม่ในประเทศญี่ปุ่นในนาม แอร์เอเชียเจแปน ในวันที่ 21 กรกฎาคม 2554 ที่กรุงโตเกียว โดยมีสัดส่วนเงินลงทุน ANA 67%, AirAsia Berhad 33% และมีการจัดตั้งบริษัทอย่างเป็นทางการใน เดือนสิงหาคม 2554
และมีแผนจะเปิดให้บริการในเดือนสิงหาคม ปี 2555 กับสามเส้นทางภายในประเทศจาก ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ กรุงโตเกียว ไปสู่ ท่าอากาศยานนิวชิโตเซะ เมืองซัปโปโร ท่าอากาศยานฟุกุโอกะ เมืองฟุกุโอกะ และ ท่าอากาศยานนะฮะ เมืองโอกินาว่า ตามด้วยสองเส้นทางระหว่างประเทศไปยังเกาหลีใต้ในตุลาคม ปี 2555 คือ เมืองปูซานและโซล ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ เป็นสนามบินนานาชาติ ตั้งอยู่ที่เมืองนาริตะ จังหวัดชิบะ ประเทศญี่ปุ่น ดำเนินการโดย บริษัทท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะ ซึ่งแปรสภาพมาจาก องค์การบริหารงานท่าอากาศยานนานาชาติโตเกียวแห่งใหม่
ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะเป็นสนามบินหลักที่ให้บริการผู้โดยสารระหว่างประเทศที่เดินทางเข้าและออกจากประเทศญี่ปุ่น และเป็นจุดเชื่อมต่อการเดินทางระหว่างทวีปเอเชียและอเมริกา เป็นสนามบินที่รองรับเที่ยวบินสำหรับผู้โดยสารมากอันดับ 2 ของญี่ปุ่น (รองจากสนามบินฮะเนะดะ) เป็นสนามบินที่รองรับการขนส่งทางอากาศเป็นอันดับ 1 ของญี่ปุ่นและอันดับ 3 ของโลก ท่าอากาศยานนานาชาตินาริตะเป็นท่าอากาศยานหลักของสายการบินเจแปนแอร์ไลน์ สายการบินออล นิปปอน แอร์เวย์ และสายการบินนอร์ธเวสต์แอร์ไลน์ และยังเป็นท่าอากาศยานรองของสายการบินยูไนเต็ดแอร์ไลน์ อีกด้วย
ท่าอากาศยานานาชาตินาริตะ เคยใช้ชื่อว่า New Tokyo International Airport จนกระทั่งปีค.ศ. 2004 ถึงแม้สนามบินนาริตะจะให้บริการผู้โดยสารที่เดินทางเข้าออกเมืองโตเกียวเป็นหลัก แต่ตัวสนามบินเองไม่ได้อยู่ในโตเกียว (การเดินทางจากนาริตะไปยังใจกลางเมืองโตเกียวใช้เวลาประมาณ 1 ชั่วโมงโดยรถไฟที่เร็วที่สุด) ส่วนสนามบินฮะเนะดะ หรือ Tokyo International Airport ซึ่งตั้งอยู่ในกรุงโตเกียว และเป็นสนามบินที่รองรับผู้โดยสารมากเป็นอันดับ 1 ของญี่ปุ่นและอันดับ 4 ของโลก ให้บริการผู้โดยสารในประเทศเป็นหลักท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์ (IATA: NGO, ICAO: RJGG) ตั้งอยู่ในพื้นที่ถมทะเล ชานเมืองนาโงยะ ประเทศญี่ปุ่น เป็นท่าอากาศยานแห่งใหม่ที่ตั้งขึ้นมาแทนท่าอากาศยานนานาชาติชูบุ (Chubu International Airport) โดยสร้างขึ้นเพื่อรองรับงานเอ็กซ์โป 2005 ที่จังหวัดไอจิ เนื่องจากสภาพที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ที่อยู่กึ่งกลางประเทศญี่ปุ่น จึงสามารถเป็นศูนย์กลางการเดินทางทางอากาศของประเทศที่สำคัญ มีลักษณะพิเศษคือมีพื้นที่พาณิชยกรรมแยกอยู่บนชั้นหนึ่งของอาคารผู้โดยสาร เรียกว่า แอร์ซิตี (Aircity) ประกอบด้วยพื้นที่ขายของแบบตะวันตก แบบญี่ปุ่น และพื้นที่พักผ่อน เช่น โรงอาบน้ำแร่ ทำให้นอกจากเป็นท่าอากาศยานแล้ว ยังเป็นแหล่งท่องเที่ยวของประชาชนในจังหวัดไอจิและพื้นที่ใกล้เคียง สามารถเดินทางระหว่างตัวเมืองนาโงยะได้รถไฟฟ้าความเร็วสูง ภายในเวลา 20 นาทีท่าอากาศยานชินชิโตเซะ (IATA: CTS, ICAO: RJCC), เป็นท่าอากาศยานนานาชาติของฮกไกโด เปิดบริการเมื่อปี ค.ศ. 1991 ตั้งอยู่ทางตะวันออกเฉียงใต้ของเมืองชิโตเซะและโทะมะโกะไม ให้บริการด้านการคมนาคมทางอากาศสำหรับนครซัปโปโระ ซึ่งจัดว่าเป็นท่าอากาศยานที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในฮกไกโด
อาคารผู้โดยสารภายในประเทศและต่างประเทศมีลักษณะเป็นครึ่งวงกลมและอาคารผู้โดยสารระหว่างประเทศแห่งใหม่อยู่ด้านหลังอาคารผู้โดยสารครึ่งวงกลม ซึ่งอาคารผู้โดยสารภายในประเทศมี 18 ประตู ในขณะที่อาคารผู้โดยสารระหว่างประเทศมี 6 ประตู ในปี ค.ศ. 2005 ท่าอากาศยานชินชิโตเซะจัดว่าเป็นสนามบินที่มีผู้ใช้บริการมากเป็นอันดับ 3 ของญี่ปุ่น รองจาก นะริตะ และ ฮะเนะดะ และถือเป็นอันดับที่ 64 ของโลก และเส้นทางการบินระหว่าง ชิโตเซะ − โตเกียว ฮะเนะดะ ด้วยระยะทาง 894 กิโลเมตร ก็จัดว่าเป็นเส้นทางที่มีผู้โดยมากที่สุดของโลก ด้วยจำนวนผู้โดยสาร 8.8 ล้านคน ในปี ค.ศ. 2010ท่าอากาศยานฟูกูโอกะ ชื่อเดิมคือ ฐานทัพอากาศอิตาซูเกะ เป็นท่าอากาศยานในเมืองฟูกูโอกะ ประเทศญี่ปุ่น ตั้งอยู่ห่างจากสถานีรถไฟฮากาตะ 3 กิโลเมตรทางทิศตะวันออก จัดเป็นท่าอากาศยานระดับสองในญี่ปุ่น ปัจจุบันรองรับเที่ยวบินภายในประเทศและระหว่างประเทศ มีการใช้งานเต็มอัตราการรองรับของท่าอากาศยานและไม่สามารถขยายได้แล้ว ปิดการขึ้นลงของเที่ยวบินเวลา 22.00 น. ทุกวันเพื่อลดเสียงรบกวนต่อผู้อยู่อาศัยบริเวณใกล้เคียงในเวลากลางคืน และจะเปิดให้เที่ยวบินขึ้นลงอีกครั้งเวลา 7.00 น.
ท่าอากาศยานตั้งอยู่ที่แขวงฮากาตะ ทางตะวันออกเฉียงใต้ของศูนย์กลางของเมือง เชื่อมต่อกับส่วนอื่นของเมืองด้วยรถไฟใต้ดินและถนน รถไฟใต้ดินวิ่งจากท่าอากาศยานไปยังย่านธุรกิจใช้เวลาไม่ถึง 10 นาที ท่าอากาศยานฟูกูโอกะเป็นท่าอากาศยานที่มีผู้โดยสารคับคั่งเป็นอันดับสีของญี่ปุ่น ใน พ.ศ. 2549 มีผู้โดยสาร 18.1 ล้านคน และมีเที่ยวบินขึ้นลง 137,000 เที่ยว ะหว่างปี พ.ศ. 2495 ถึง พ.ศ. 2515 ท่าอากาศยานแห่งนี้ได้ใช้เป็นที่ตั้งของฐานทัพของกองทัพอากาศสหรัฐอเมริกา มีชื่อว่าฐานทัพอากาศอิตาซูเกะ